סיכונים בתהליך החזרת עוברים
דלקת אגנית
החזרת העוברים לרחם הינה פעולה קלה יחסית. לעיתים רחוקות צוואר הרחם צר או מפותל ואז ההחזרה כרוכה בכאב קל. במצב כזה אנו משתמשים בקטטר מיוחד שבאמצעותו מתגברים על הבעיה בקלות. החזרת העוברים לחלל הרחם, נושאת סיכון מועט לדלקת אגנית, על סיבוכיה. בעלות הסיכון לדלקת אגנית הן נשים שלהן יש מחלה חצוצרתית בעברן (חסימה, כריתת חצוצרה, דלקת אגנית בעבר) וכן אנדומטריוזיס בדרגה מתקדמת.
היריון מרובי עוברים
סיכון נוסף הוא הסיכוי להריונות מרובי עוברים. זהו סיכון גם לעוברים וגם לילודים הנולדים. כמו כן הסיכונים הם גם לאישה. הסיכונים האלו נכונים גם להריון תאומים ובודאי להריון שלישיה בו מומלץ, על פי הספרות המקצועית, להתדיין עם בני הזוג בעניין ביצוע הפחתה של אחד העוברים.
מומים מולדים
שיעור המומים המולדים בילדים הנולדים לאחר הפריה חוץ-גופית רגילה או לאחר ICSI, גבוה ב-30% משיעור המומים המולדים בקרב ילודים של הורים שאינם לוקים בפוריות. אם השיעור של המומים המולדים (מומים גדולים וקטנים וכן מומים גנטיים) באוכלוסיה הרגילה של הילודים עומד על 4%, בילודים של הזוגות הלוקים בפוריות הוא 5.2%.לא נמצא הבדל בשיעורי המומים בין ילדים כתוצאה מהפריה חוץ-גופית רגילה או מיקרומניפולציה או לאחר הפשרה עוברים.יש לציין כי אחוז המומים המולדים בין הילודים שנולדו לזוגות לא פוריים שקיבלו טיפול תרופתי לגרימת ביוץ או הזרעות בלבד גם הוא עומד על 5.2%. זהו גם הסיכון בילודים שנולדו לזוגות שלוקים בפוריות ובסופו של דבר השיגו הריון עצמוני ללא טיפול.