מרכז חינוכי
במרכז הרפואי שמיר (אסף הרופא) קיימת מערכת הוראה ענפה לילדים ומתבגרים.
מערכת החינוך לילדים כוללת: מסגרות לילדים עם קשיי התפתחות וכן הדרכה בקהילה.
מסגרת לילדים עם קשיי התפתחות
"אסיף"- בית ספר חינוכי - שיקומי (עד כיתה ב') לילדים הסובלים משיתוק מוחין ונכויות מוטוריות נוספות, הפועל בשיתוף עם האגף לחינוך מיוחד במשרד החינוך. במסגרתו קיים גן טיפולי - חינוכי לילדים עם אוטיזם, בשיתוף עם אגודת אלו"ט ועם גן ויצ"ו, וכן פעוטון לילדים הסובלים משיתוק מוחין, הפועל בשיתוף משרד העבודה והרווחה.
הדרכה בקהילה
פעילויות רבות מתקיימות מחוץ לכותלי שמיר (אסף הרופא), ושתכליתן הינה העשרת ידע בתחום מניעת מחלות ועקרונות ניהול אורח חיים התומך בבריאות טובה ואיכות חיים, לרבות שרות דיאטה ותזונה. פעילויות אלו מתקיימות במסגרות המותאמות לתלמידים (באחריות חטיבת הילדים), נשים בהיריון, גמלאים ואזרחים אחרים.
במסגרות אלה, משתתפים רופאים רבים המייצגים במסירות ובמקצועיות את המרכז הרפואי בקהילה.
המערכת להכשרת אנשי מקצוע כוללת: הכשרה אקדמית במקצועות הבריאות ולימודי רפואה ומחקר.
הכשרה אקדמית במקצועות הבריאות
בית ספר אקדמי לסיעוד- המסונף לאוניברסיטה העברית בירושלים; בית ספר לפיזיותרפיה- המסונף לאוניברסיטת תל אביב ובית ספר לרנטגנאות ודימות, בשיתוף אוניברסיטת בר אילן ומטעם משרד הבריאות.
לימודי רפואה ומחקר
מחלקות רבות מסונפות באופן רשמי לבית הספר לרפואה ע"ש "סאקלר" באוניברסיטת תל אביב. לרופאים רבים באותן מחלקות בשמיר (אסף הרופא), יש מינוי אקדמי בפקולטה לרפואה. סטודנטים רבים מבקשים לעבור את ההתנסות הקלינית שלהם במחלקות האשפוז ובמכונים השונים.